Malaysia Airlines mula dirombak di bawah Business Turnaround Plan (BTP). Pelan ini dibuat berdasarkan hub-and-spoke approach dan juga polisi terbaru kerajaan iaitu Polisi Rasionalisme Penerbangan Domestik. Ini menyebabkan route domestik Malaysia Airlines berkurangan daripada 118 kepada 22 route dan route antarabangsa juga berkurangan daripada 114 kepada 90. Pelan penstrukturan semula untuk penerbangan domestik bermula Ogos 2006 manakala penstrukturan semula penerbangan antarabangsa dijalankan mengikut fasa-fasa. Fasa pertama akan mengembalikan semua laluan penerbangan antarabangsa ke Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur sebagai hub utama dan fasa kedua akan menamatkan perkhidmatan pada route yang ternyata tidak menguntungkan.

Pelan tersebut bukan sahaja untuk mengurangkan penerbangan-penerbangan syarikat ini, tetapi juga untuk memperbaiki hubungan dan kekerapan laluar sasaran. Sebelum ini, Malaysia Airlines hanya menjalankan operasi penerbangan sebanyak 2 bank ketibaan dan perlepasan, namun sejak Ogos 2006, syarikat ini mengendalikan 4 bank penerbangan setiap hari. Syarikat juga telah melancarkan jadual penerbangan baru yang efektif sejak Ogos 2006 untuk menjamin hubungan laluan yang lebih baik.